Secara umum, ketiga Kawasan konservasi hayati tersebut memiliki Topografi kawasan terdiri dari punggungpunggung gunung yang sangat terjal terorientasi di atas batuan granit dan karst berbukit, bergelombang dan berbukit-bukit rendah dan terjal. Kemiringan kawasan > 60% dengan amplitudo >300m. Pada kawasan terdapat 4 kelompok bentang darat, antara lain; daerah bergunung-gunung dan berbukit-bukit, daerah berbukit-bukit kapur, daerah bergelombang dengan torehan di atas permukaan bumi dan daerah dataran dan teras sungai.

Berdasarkan letak, ketinggian, unsur iklim dan vegetasinya, ekosistem kawasan ini diklasifikasikan ke dalam tipe ekosistem hutan hujan campuran non dipterocarpaceae. Vegetasi kawasan ini, sesuai ketinggian tempatnya terbagi menjadi hutan daratan rendah, hutan sub montana, hutan montane dan hutan subalpine. Potensi flora yang terdapat pada kawasan Cagar Alam ini sangat beranekaragam, dan banyak ditumbuhi oleh jenis yang bernilai ekonomis tinggi.